Alcalá de Henares fue uno de los núcleos de la primera ola protestante del S. XVI. La recién fundada Universidad Complutense atrajo a personajes protestantes de la talla de los hermanos Valdés, Francisco de Enzinas o Constantino Ponce de la Fuente.
En 1501 el Cardenal Cisneros cumplía uno de sus sueños: porner la primera piedra de la que sería la primera universidad de los reinos peninsulares dedicada al estudio de los idiomas bíblicos. Tras su ingreso en los franciscanos, pasó siete años de vida monacal.
Salió de este aislamiento gracias a la reina Isabel la Católica, que le convirtió en su confesor. Rápidamente pasó a formar parte del gabinete de personas que se encargaba de los asuntos políticos del reino. Después de su nombramiento como provincial, acometió la reforma de su propia orden religiosa.
Ya como arzobispo de Toledo, extendió sus reformas a toda la Iglesia española. La Universidad de Alcalá se convertía en el primer centro teológico de Europa y por sus aulas pasarían algunos de los protestantes más ilustres de la primera mitad del S. XVI.
