La capilla, que en otro tiempo no fue más que una cuadra de animales, recoge testimonios de la vida de san Isidro pues era el espacio físico donde el santo cuidaba cada noche los bueyes con los que araba las tierras de Iván de Vargas. El 27 de enero del 2000 la capilla fue declarada bien de interés cultural, en la categoría de sitio histórico de la Comunidad de Madrid.
Desde el siglo xi hasta principios de este siglo xxi no ha habido otra cosa que en origen la cuadra de san Isidro, la ermita posteriormente y la capilla actual tal y como la conocemos hoy en día, el perímetro de ella está intacto como lo fue en el siglo xi donde guardaba los bueyes el santo patrón de Madrid y de los agricultores, la habitó él y su familia (san Isidro, santa María de la Cabeza y su hijo san Illán).
Esta capilla ha sido declarada de bien de interés turístico cultural, el 27 de enero del 2000 en la categoría de sitio histórico de la Comunidad de Madrid por la tradición secular del pueblo madrileño, además la casa está protegida por encontrarse en el nivel arqueológico de la murallas de Madrid en nivel de protección dos.
D. Ignacio José López de Zárate y Vargas, el 13 de octubre de 1859, pidió las licencias para abrir la capilla al culto público a la diócesis de Toledo, sin perjuicio de las iglesias parroquiales de San Andrés y San Pedro, celebrándose el sacrificio de la santa misa en el mismo lugar donde san Isidro guardaba sus bueyes para la labranza de los campos de D. Iván de Vargas allá por la mitad del siglo xi y el xii.
El 14 de octubre de 1859 el cardenal arzobispo de Toledo, de la mano de su secretario D. Pablo de Yurre entrega en Madrid el día 20 del mismo mes y año las licencias de apertura de la capilla erigida en la planta baja de la casa n.º 6 de la calle del Almendro, propiedad del referido Sr. marqués de Villanueva y Nava, dedicada a los gloriosos patronos de esta corte san Isidro Labrador y santa María de la Cabeza por ocupar el mismo lugar donde habitaron los santos y donde según la tradición antiquísima estaba la cuadra en la que guardaban los animales de labranza.
Decir que san Isidro tuvo la virtud de amar en la entrega en el trabajo, de arar perseverante y de vivir al servicio de los demás, es exacto, pero esta imagen adquiere mayor fuerza al acercarnos a lugares como este, donde sabemos que el santo vivió el ritmo de Dios en la paz de Dios.
Esta capilla, que en otro tiempo no fue más que una simple cuadra de animales, recoge testimonios de su vida porque es el espacio donde san Isidro guardaba y cuidaba cada noche los bueyes con los que araba las tierras de Iván de Vargas. Así es la costumbre de las casas de labranza en la Castilla de la Edad Media: los labradores dormían próximos a sus animales, cuidándolos.
San Isidro vivió entre los siglos xi y xii, desde el arrabal de San Andrés hasta los Carabancheles, las márgenes del río Manzanares o el altozano llamado hoy Pradera –ya que esta desaparece con la industrialización de Madrid en los años sesenta– eran las grandes haciendas del señor Iván de Vargas y era también el entorno físico que encierra «las huellas del santo», autentificadas por los milagros realizados y localizados en este entorno, autentificadas por el ejemplo de su vida increíble y convincente: un padre de familia, un asalariado que reza, que trabaja y que, amando a los demás, despierta amor.
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