El 2 de enero de 1890 sucedió el fatal desenlace: «… el triste acontecimiento que privaba a España de uno de sus hijos más ilustres y queridos». El fallecimiento del «rey de los tenores» inundó de profunda tristeza nuestra nación: «… con él se perdía al artista propio, en la verdadera acepción de la palabra […] Sin duda, era el único que producía en nuestro cerebro fuertes sacudidas y en nuestros pechos ansias de vida espiritual, vigorosa y fecunda».
La noche del 8 de diciembre de 1889, se encendieron todas las alarmas. En aquella fecha, el «inimitable artista» interpretaba sobre el escenario del Teatro Real la ópera Los pescadores de perlas. Súbitamente, observó el público que algo grave le ocurría al Sr. Gayarre: «Suspendido el corto y con paso inseguro, se adelantó al proscenio y suplicó al auditorio que le dispensara de cantar la romanza por hallarse imposibilitado de ello. Apenas expuesto el ruego, un ligero desvanecimiento le obligó a apoyarse en uno de los bastidores, evitando que cayera al suelo el director de escena. El público estaba perplejo ante aquel inesperado incidente […] Gayarre con expresión desesperada de pena y de quebranto exclamó, ¡esto se acabó!».
Los analistas no daban crédito a lo vivido: «¡Hallábase en el apogeo de la existencia, en la cumbre de la fama, en la plenitud de su poder genial […] Tenía por delante muchas horas de aplausos y aliento […] Su laringe, su mágico instrumento pareció estar roto», su maravillosa herramienta «se había partido, ya no sonaba dulce, ya no emitía trinos angelicales». Desgraciadamente «la dolencia traidora» le obligaría a estar postrado en el lecho.
Durante su agonía, los madrileños y el resto de españoles expresaron enérgicamente su cariño por el cantante. En las inmediaciones de su domicilio situado en la plaza de Oriente se arremolinaban cada día cientos de curiosos y simpatizantes, atentos a algún tipo de noticia esperanzadora. Igualmente, legiones de adeptos guardaban pacientemente su turno, para firmar en los pliegos de papel colocados en el portal el enfermo. En ellos, se podían leer expresiones como las siguientes: ¡Señor que se salve!, ¡que vuelva a las tablas! ¡que yo le oiga otra vez! ¡que de nuevo le vea!
La casa real en nombre del pueblo español y «cuanto encierra Madrid en la política, las artes, la banca y la buena sociedad se apresuraban a estampar su firma en las listas». Personalidades como Castelar, Cánovas, Barbieri o Bretón, además de un ingente número de admiradores, formaban parte de «la manifestación de duelo que Madrid le tributaba».